Runtime.getRuntime().exe()로 문제가 발생 할만한 상황을 고려하여 만든소스임

String[] args = {"", "", ""};

  // conf값을 확인해서 재설정함
  args[0] = "/home/hadoop/bin/run.sh";
  args[1] = "default"; 
  args[2] = "a.txt";

  StringBuilder sb = new StringBuilder();

  for (String str : args) {
   sb.append(str);
   sb.append(" ");
  }

후에  String[] result = Utils.runShell(sb)을 호출한다. (result[0]은 stdMsg, result[1]은 errorMsg가 넘어온다)

---------------------------------------Utils.java-----------------------------------------------------

(args는 shell명령어및 인자를 넣어서 runShell()을 실행시켜줌)

 public static String[] runShell(StringBuilder args) throws Exception {
  Process process = null;
  boolean notTimeOver = true;
  String[] result = new String[] { "", "" };
  ProcessOutputThread stdMsgT=null;
  ProcessOutputThread errMsgT=null;

  // OS 종류 확인
  String osName = System.getProperty("os.name");

  try {
   String[] cmd = null;
   if (osName.toLowerCase().startsWith("window")) {
    cmd = new String[] { "cmd.exe", "/y", "/c", sb.toString() };
   } else {
    cmd = new String[] { "/bin/sh", "-c", args.toString() };
   }
   // 콘솔 명령 실행
   process = Runtime.getRuntime().exec(cmd);

   // 실행 결과 확인 (에러)
   StringBuffer stdMsg = new StringBuffer();
   // 스레드로 inputStream 버퍼 비우기
   stdMsgT = new ProcessOutputThread(process.getInputStream(), stdMsg);
   stdMsgT.start();

   StringBuffer errMsg = new StringBuffer();
   // 스레드로 errorStream 버퍼 비우기
   errMsgT = new ProcessOutputThread(process.getErrorStream(), errMsg);
   errMsgT.start();

   // 수행종료시까지 대기
   while(true) {
    if(! stdMsgT.isAlive() && ! errMsgT.isAlive()) {
     notTimeOver = process.waitFor(30L, TimeUnit.MINUTES);
     log.debug("Thread stdMsgT Status : "+stdMsgT.getState());
           log.debug("Thread errMsgT Status : "+errMsgT.getState());

     break;
    }
   }
   log.debug("notTimeOver ==========================>" + notTimeOver);

   // 실행결과
   result[0] = stdMsg.toString();
   result[1] = errMsg.toString();
  } catch (Exception e) {
   e.printStackTrace();
   throw e;
  } finally {
   if (process != null) {
    IOUtils.closeQuietly(process.getOutputStream());
    IOUtils.closeQuietly(process.getInputStream());
    IOUtils.closeQuietly(process.getErrorStream());
    
    process.destroy();
    log.debug("process destoryed ==========================>");
   }
  }

  args.delete(0, args.length());
  args.setLength(0);
  args = null;

  return result;
 }

--------------------------------ProcessOutputThread .java----------------------------------------------------------

//스레드로 inputStream 버퍼 비우기 위한 클래스 생성
public class ProcessOutputThread extends Thread {
 private InputStream is;
 private StringBuffer msg;

 public ProcessOutputThread(InputStream is, StringBuffer msg) {
  this.is = is;
  this.msg = msg;
 }

 public void run() {
  try {
   msg.append(getStreamString(is));
  } catch (Exception e) {
   e.printStackTrace();
  } finally {
   if (is != null) {
    try {
     is.close();
    } catch (IOException e) {
     e.printStackTrace();
    }
   }
  }
 }

 private String getStreamString(InputStream is) {
  BufferedReader reader = null;
  try {
   reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(is));
   StringBuffer out = new StringBuffer();
   String stdLine;
   while ((stdLine = reader.readLine()) != null) {
    out.append(stdLine);
   }
   return out.toString();
  } catch (Exception e) {
   e.printStackTrace();
   return "";
  } finally {
   if (reader != null) {
    try {
     reader.close();
    } catch (IOException e) {
     e.printStackTrace();
    }
   }
  }
 }
}